Ну под стеблем я имею ввиду черешок цветка.
Не пугайте так.

Если с климатом всё в порядке, остаётся свет или питание. Может, перец просто передумал. Обнаружил, что есть ещё куда расти, и решил повременить с размножением.

С механическим повреждением корней во время пересадки это вряд ли связано. Времени прошло уже довольно много, а на механическое повреждение корней куст обычно реагирует почти сразу же, и в первую очередь такое повреждение отражается на листьях.
Корневая, в принципе, может повредиться и через некоторое время после пересадки. Корни могут начать гнить, если в грунте остались воздушные пустоты. Но и это по-любому должно было отразиться на листьях.