Специального сравнения на предмет прозрачная/непрозрачная тара не производил. Однако, использую прозрачные стаканчики последние 4 года. Рассада перцев (а также помидоров, баклажан и т.д.) находится в них на протяжении первых месяца-двух (в зависимости от размера корневой системы). Не могу сказать, что это отрицательно воздействует на растения. К тому же, есть явный плюс в прозрачности контейнера, видно, когда нужно пересаживать рассаду в большую тару. Возможно, отрицательный фактор особо проявляется при содержании растений в прозрачных горшках на подоконнике, когда источник света находится и сверху, и сбоку. У меня же "прямой" свет идет только сверху (конечно, отраженный попадает сбоку в стаканчики). Но, ИМХО, в моих конкретных условиях это явно негативно не сказывается на развитии рассады. Так что я оборачиванием прозрачных стаканчиков свето- поглощающим/отражающим материалом не занимаюсь. Но, повторюсь, все это ИМХО!
Чтобы точно удостовериться в возможности такого негативного влияния или его отсутствия надо провести несколько опытов, а у меня на это нет ни времени, ни желания. Лично меня (и осмелюсь предположить, мою рассаду, судя по ее состоянию) прозрачная тара вполне устраивает.