Я разрезаю, семена достаю, сушу отдельно, складываю в пакетики по сортам. Большинство источников рекомендует семена для посева заготавливать именно со свежих плодов, а не высушивать их вместе.
Сами перцы без семян высыхают быстрей и качественней, без плесени внутри. Сушу выпотрошенные перцы на воздухе, в тени. Еще мне очень нравиться сушить прямо на батарее центрального отопления, накрываю батарею листом плотной бумаги, а сверху раскладываю перцы. Особенно так удобно "последний" урожай осенью и зимой досушивать, когда на улице уже сыро и холодно.